Nachdem sich die Evangelischen Christen in Bodenmais einige Jahre in einer Holzbaracke zu den Gottesdiensten versammelten, wurde im September 1962 der Grundstein für die St. Johanneskirche gelegt.
Am 10.11.1963 wurde sie durch Regionalbischof OKR Bürkstimmer eingeweiht. Die Kirche war von Anfang an in Bezug auf ihre Größe und ihre Ausstattung auf die Bedürfnisse einer Urlaubergemeinde abgestimmt: Sie bietet Raum zum Nachdenken und zur Stille und sie willvertraute, heimatliche Gefühle wecken.
Die Architektur der Kirche wirkt durch die Fichtendecke und die ovale Grundform gleichzeitig anheimelnd und offen.
Der steile Dachwinkel erinnert an ein Zelt, die Behausung der Reisenden. So stellt der Architekt Wörlen aus Passau eine Beziehung zu den Urlaubern her, die diese Kirche besuchen.
Das Bauwerk bildet einen wunderbaren Rahmen für Ausstellungen und virtuose Konzerte, so dass die St. Johanneskirche viel Abwechslung für Augen und Ohren bieten kann. Die St. Johanneskirche in Bodenmais steht allen Menschen offen, die einen Ort der Stille suchen um im Gebet und mit offenen Augen Gottes Nähe zu spüren.
Deshalb ist sie tagsüber jederzeit zugänglich. Die Materialien in der Kirche stammen bewusst aus dem Bayerischen Wald: Glas, Holz und Stein.
Das beeindruckende Glasfenster, entworfen vom früheren Leiter der Zwieseler Glasfachschule, Bernhard Schagemann, stellt die sieben Siegel aus der Offenbarung des Johannes und das himmlische Jerusalem dar.
Die im Jahr 2017 restaurierte Orgel auf der Empore der St. Johanneskirche